苹果花叶病毒病预防以防治传毒蚜、虱为中心，可选用噻虫嗪、烯啶虫胺、吡蚜酮、吡虫啉、噻嗪酮+有机硅喷雾防治。如发生花叶病毒病，可使用阿泰灵，或选用毒氟磷、氨基寡糖素、香菇多糖、盐酸吗啉胍·乙酸铜等，复配芸苔素等叶面肥喷雾，连用两到三次。
