楼主,首先你要分清你所说的分公司是个什么地位。若真的是分公司,那就按照公司财务制度的要求做就可以了,当你把报表报上去得时候,上头的财务人员会自动把报表合并。其他的事不告诉你就没你什么事了。要是权属子公司,也那你可牛叉了,事多了去了。至于区别吗!好好做好你的账的就好了,定期报出报表,不管对外,还是对上头。
首先分公司不是法人,账务可以单独处理,但是不需要单独纳税申报,月底的时候,应该把账全问归到总公司核算。