为什么先翻译时间状语从句，再翻译表语从句

表语从句是that后面全部的，when引导的时间状语从句是表语的一部分。
在表语从句中又有从句，其主句是 it has become a moral problem，从句是 when it's really an engineering one.
这种带时间状语从句的复合句，不都是先翻译从句后翻译主句的么。

你的问题问得很好。
这段中文没有将原文的本意译出来。原文中的 the trouble（麻烦、难题）是中心词，后面的所有内容都是用以说明这个“难题”的。
句中的表语部分 that it has become a moral problem when it's really an engineering one 是一个对比结构，不能分开译。其中的状语从句用的引导词是when，但其真实含义是 whereas 或者 although，而不是“时间”含义。而且这个when从句不是用来修饰主句的。

建议译成：
全球变暖问题的辩论麻烦就麻烦在原本是一个技术的问题却变成了道德问题。

因为你给出的译文翻译的不对！
应该是：
“全球变暖的讨论之所以陷于困境，是因为其业已成为一个道德问题，虽然在表面上是一个工程学的问题。”