核磁共振往往是检查癌症的重要手段，比如脑癌、肝癌、胰腺癌等实质性软组织器官的癌症一般都能被磁共振检查发现。但磁共振检查不能查出所有的肿瘤，比如很微小的癌症或者早期癌症，它就可能发现不了，再比如骨癌，它的准确性可能反而还不如CT，还有皮肤癌，也不是需要进行磁共振检查来诊断的。
