木棉花药性淡、涩，平。清热，利湿，解毒。用于泄泻，痢疾，血崩，疮毒。常用量5～10克。广东人最常用法是熬粥：天气酷热时，人会感觉干燥，疲惫；喝水太多口会发酸、苦，没有食欲，此时用木棉花（单方或加入赤小豆，药量按两人一朵花加一小撮赤小豆）熬粥能够祛除口中酸苦感，生津去暑湿。
另外，木棉的树皮也可入药，称作“海桐皮”，药方写作“广东海桐皮”。味苦，性平，功能祛风湿，通经络，杀虫。治风湿痹痛，痢疾，牙痛，疥癣。
木棉花，有清热利尿、解毒祛暑和止血的功效。木棉皮，有清热、利尿、活血、消肿、解毒等功效，对慢性胃炎、胃溃疡、泄泻、痢疾等有显著疗效。外用木棉皮可治腿膝疼痛、疮肿、跌打损伤等。
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