线粒体的核糖体用来合成线粒体自身需要的蛋白质（包括某些酶类)的一小部分。（线粒体基因编码的部分蛋白质）
而细胞质的核糖体合成细胞中的绝大多数蛋白质，包括分泌蛋白。（核基因编码的蛋白质）
补充：真核生物的细胞质核糖体的沉降系数为80S,而线粒体的核糖体沉降系数近似于70S.说明二者结构上必然有差异。
也线粒体和叶绿体中的核糖体都与细胞质中的核糖体不一样，沉降系数接近70s，类似于原核生物核糖体，也就是关于线粒体和叶绿体起源的内共生学说
不相同线粒体的核糖体和细菌核糖体是一样的
不尽相同，线粒体核糖体合成的物质仅供线粒体用
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